Pomimo skonfigurowania odpowiednich wpisów w php.ini odnośnie uploadu plików należy jeszcze dodać do kongiguracji nginxa w sekcji http:

http {
    ...
    client_max_body_size 200M;
    proxy_connect_timeout  600s;
    proxy_send_timeout  600s;
    proxy_read_timeout  600s;
    fastcgi_send_timeout 600s;
    fastcgi_read_timeout 600s;
}   

oraz w konkretnym workerze domyślnie www:

request_terminate_timeout=600s
	

# One worker per CPU-core.
worker_processes  2;

events {
    worker_connections  8096;
    multi_accept        on;
    use                 epoll;
}

worker_rlimit_nofile 40000;

http {
    sendfile           on;
    tcp_nopush         on;
    tcp_nodelay        on;
    keepalive_timeout  15;

}

http://tweaked.io/guide/nginx-proxying/